دانلود مقاله ISI انگلیسی شماره 79036
عنوان فارسی مقاله

یک الگوریتم خوشه بندی agglomerative سلسله مراتبی مبتنی بر درجه توزیع برای شناسایی کمپلکسهای پروتئینی

کد مقاله سال انتشار مقاله انگلیسی ترجمه فارسی تعداد کلمات
79036 2011 10 صفحه PDF سفارش دهید محاسبه نشده
خرید مقاله
پس از پرداخت، فوراً می توانید مقاله را دانلود فرمایید.
عنوان انگلیسی
A degree-distribution based hierarchical agglomerative clustering algorithm for protein complexes identification
منبع

Publisher : Elsevier - Science Direct (الزویر - ساینس دایرکت)

Journal : Computational Biology and Chemistry, Volume 35, Issue 5, 12 October 2011, Pages 298–307

کلمات کلیدی
شبکه (PPI) تعامل پروتئین-پروتئین ؛ پیچیده - توزیع درجه؛ الگوریتم agglomerative سلسله مراتبی
پیش نمایش مقاله
پیش نمایش مقاله یک الگوریتم خوشه بندی agglomerative سلسله مراتبی مبتنی بر درجه توزیع برای شناسایی کمپلکسهای پروتئینی

چکیده انگلیسی

Since cellular functionality is typically envisioned as having a hierarchical structure, we propose a framework to identify modules (or clusters) within protein–protein interaction (PPI) networks in this paper. Based on the within-module and between-module edges of subgraphs and degree distribution, we present a formal module definition in PPI networks. Using the new module definition, an effective quantitative measure is introduced for the evaluation of the partition of PPI networks. Because of the hierarchical nature of functional modules, a hierarchical agglomerative clustering algorithm is developed based on the new measure in order to solve the problem of complexes detection within PPI networks. We use gold standard sets of protein complexes to validate the biological significance of predicted complexes. A comprehensive comparison is performed between our method and other four representative methods. The results show that our algorithm finds more protein complexes with high biological significance and a significant improvement. Furthermore, the predicted complexes by our method, whether dense or sparse, match well with known biological characteristics.

خرید مقاله
پس از پرداخت، فوراً می توانید مقاله را دانلود فرمایید.