دانلود مقاله ISI انگلیسی شماره 78474
عنوان فارسی مقاله

یک مدل برنامه ریزی عدد صحیح برای پیش بینی ساختار پروتئین با استفاده از مدل زنجیره جانبی 3D-HP

کد مقاله سال انتشار مقاله انگلیسی ترجمه فارسی تعداد کلمات
78474 2016 9 صفحه PDF سفارش دهید محاسبه نشده
خرید مقاله
پس از پرداخت، فوراً می توانید مقاله را دانلود فرمایید.
عنوان انگلیسی
An integer programming model for protein structure prediction using the 3D-HP side chain model
منبع

Publisher : Elsevier - Science Direct (الزویر - ساینس دایرکت)

Journal : Discrete Applied Mathematics, Volume 198, 10 January 2016, Pages 206–214

کلمات کلیدی
برنامه ریزی عدد صحیح؛ تاخوردگی پروتئین؛ مدل های شبکه؛ بیوانفورماتیک
پیش نمایش مقاله
پیش نمایش مقاله یک مدل برنامه ریزی عدد صحیح برای پیش بینی ساختار پروتئین با استفاده از مدل زنجیره جانبی 3D-HP

چکیده انگلیسی

In spite of the fact that many simplified model variants of protein structure prediction have been widely studied in the past years, few attention has been given to discrete models with side chains, for which there is no specific benchmark. In this paper, we propose an integer programming model for the 3D-HP side chain protein structure prediction problem. The model accounts for the energy resulting from all types of interactions, between pairs of backbone elements, hydrophilic side chains and hydrophobic side chains. Three sets of instances, modified from the literature, were used in the experiments, and the maximum number of non-local hydrophobic contact was found using the ILOG CPLEX optimization package. We offer the optimal solution found for several instances of the benchmark. It is expected that the mathematical model allow further studies of the protein structure prediction with side chains and may, for some cases, provide new optimal values or new bounds that would rekindle the interest to this fascinating problem domain.

خرید مقاله
پس از پرداخت، فوراً می توانید مقاله را دانلود فرمایید.